果子的TCGA教程汇总,持续更新。

​首先看这几个帖子:

从GDC下载TCGA肿瘤数据库的数据

把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R

TGCA数据的标准化以及差异分析

很有诚意!人人可做的转录组数据下游分析

下面几个也可以看看

TCGA真实数据下的批量生存分析

TCGA提取非编码RNA并完成下游分析

GTF文件有什么用啊?别的不谈,最起码能提lncRNA

然后再看看整理好的矩阵能做些什么事情

乱花渐欲迷人眼,偷得浮生半日闲

绘图:单基因在多个组织中的表达

图有毒系列之2:不仅毒还很贵!

Y叔推荐的这个图有毒!

多个基因在多亚组疾病中的展示

单基因批量相关性分析的妙用

配对样本的处理:

找出TCGA中的配对样本并正确展示数据

配对样本数据如何计算及展示?

TCGA的模型预测模型构建:

TCGA构建临床预测模型的大坑

TCGA数据库构建生存预测模型之lasso回归TCGA

基于TCGA数据的疾病风险预测模型构建

一些杂技:

Reduce函数实现多个数据框批量合并

神奇的lapply

多个时间点的ROC曲线还可以这样画!

有人跟我说,拥有了wget就拥有了一切

当然这一切需要的是R语言

学习R语言,从这一课开始。

不会R语言就学习网页工具:

神器不神,主要看人。

介绍一个十分简单好用的TCGA工具